1. 当子公司代表母公司执行合同时，发票应由子公司开具。作为独立的法律实体，子公司在其经营活动中产生的销售行为，应当负责开具相应的增值税专用发票，以便确认自身的收入，并允许母公司抵扣相应的进项税额。
2. 在处理子公司与母公司之间的关联交易时，应注意定价问题。关联交易的定价是税务机关审查的重点，尤其是在上市公司的情况下，这一领域的报表披露会受到审计的密切注意。合理的定价既要满足税法的要求，也要符合会计准则，避免因定价不当而引起税务问题。
3. 母公司代销子公司的产品时，可能会采取平进平出的模式，即不留下主营业务利润。在这种情况下，母公司需要向子公司收取管理费，并且这部分费用也应当开具发票，作为母公司的一项额外税务负担。此外，代销模式对资金结算有较高要求，需要母公司及时向子公司支付款项，这在一定程度上可能会影响集团的管理效率。
4. 在集团公司中，子公司作为供应商的业务模式对纳税有重大影响。例如，子公司作为生产工厂，母公司负责统一销售，这种模式下如何处理账务和税务问题，会带来不同的税务结果。选择合适的业务模式，需要综合考虑税务影响，确保整个集团的税务安排既合理又合规。
5. 遵守《中华人民共和国公司法》的相关规定，子公司具有法人资格，能够独立承担民事责任。母公司设立子公司时，需要向公司登记机关申请登记，并领取营业执照。分公司则不具有法人资格，其民事责任由母公司承担。
