内阁提出了三个年号选项：“明良”、“绍治”和“嘉靖”。其中，“绍治”的含义不言而喻，先皇孝宗被认为是明中叶唯一值得称赞的皇帝，他统治时期君臣和谐，天下治平。“绍治”这一年号表达了对孝宗时期“弘治之治”的继承。
“绍治”与“嘉靖”相对，后者则带有对正德时代的清算意味。“嘉靖”取自《尚书·无逸》：“不敢荒宁，嘉靖殷邦。至于小大，无时或怨。肆高宗之享国五十有九年”，意味着对过去的纠正和整治，间接表达了文臣集团对正德时代的不满。
实际上，“嘉靖”原是对商高宗武丁的赞美，武丁长期生活在民间后继承王位，这一境遇与朱厚熜相似。群臣特地以武丁比喻朱厚熜，希望他成为贤明、长寿的君主。
据说，王守仁曾预言“嘉靖”二字将作为年号出现，而朱厚熜最终选择了“嘉靖”。然而，朱厚熜并未选择群臣普遍看好的“绍治”。原因在于，“绍治”存在歧义，“治”既可以理解为对“弘治之治”——即弘治皇帝事业的继承；又可以理解为对“弘治”——即弘治皇帝本人血脉的继承。朱厚熜刻意回避了这一问题，这反映了他继统而不继嗣的意图。
这一选择实际上预示了日后的大礼议之争。朱厚熜的选择，不仅体现了他对孝宗的怀念，也透露出他对自己继位身份的慎重考虑。大礼议之争的开端，早在朱厚熜选择年号之时便已埋下伏笔。
