食用水果时应注意卫生问题，避免食用已经开始腐烂的水果，或是没有经过充分清洗消毒的果品，如草莓、桑椹、剖片西瓜等。这些未经过适当处理的水果容易引发痢疾、伤寒和急性胃肠炎等消化道传染病。
另外，用酒精消毒水果并不合适。虽然酒精能够杀死水果表面的细菌，但它会改变水果的颜色、香气和味道，同时酒精与水果中的酸反应，会降低水果的营养价值。
对于一些人认为果皮维生素含量比果肉高的观点，需要特别注意。若水果遭受病虫害，通常会使用农药喷杀，农药会渗透并残留在果皮的蜡质中。因此，果皮中的农药残留量通常比果肉中高得多，因此不建议直接食用。
在切水果时，最好避免使用菜刀。因为菜刀常接触肉类、鱼类和蔬菜，可能会携带寄生虫或虫卵，从而使人感染寄生虫病。此外，菜刀上的锈迹与苹果中的鞣酸反应，会影响苹果的色、香、味。
另外，切勿饭后立即吃水果。饭后立即吃水果不仅不能帮助消化，反而可能导致胀气和便秘。建议在饭后两小时或饭前一小时食用水果。
此外，在食用水果后应立即漱口。因为一些水果含有多种发酵糖类物质，这些物质对牙齿有较强的腐蚀性。如果不漱口，口腔中的水果残渣容易导致龋齿。
最后，过量食用水果也不可取。过量食用水果可能导致人体缺铜，进而引起血液中胆固醇水平升高，增加冠心病的风险。因此，在短时间内不宜大量食用水果。
