有机奶粉与普通配方奶粉在多个方面存在显著差异。首先，原料方面，有机奶粉采用的是未使用化肥和农药的天然原料，确保了产品的天然无害性。而普通配方奶粉则可能使用了农药和化肥，这在一定程度上影响了产品的纯净度。
其次，在生产过程中，有机奶粉严格控制全程，确保不添加任何人工合成的添加剂，保证了产品的纯净。相比之下，普通配方奶粉在生产过程中常常会改变食物成分，添加各种添加剂，有些甚至可能对人体造成危害。
再者，有机奶粉的生产需获得有机产品认证，这意味着其生产过程和最终产品都必须符合严格的有机标准。而普通配方奶粉通常只需达到一般食品卫生标准即可。
值得注意的是，世界各国有机食品对水质、空气以及生态环境有非常严格的要求。一个非有机牧场要转化为有机牧场，至少需要三年时间，在此期间，不允许使用任何化学肥料，这不仅投入高，风险也大，因此很多奶业公司对此望而却步。
以贝拉米为例，作为有机奶粉的典范，其产品从原料种植、奶牛养殖、植物采摘、鲜奶收集到工厂加工，直到最终形成一罐罐的贝拉米产品，整个过程都严格符合有机产品认证的要求，实现了全线有机、全链有机。
