山楂含有丰富的有机酸、果酸、山楂酸和枸橼酸等成分，空腹食用会使胃酸大量分泌，对胃黏膜造成不良刺激，导致胃部不适，如胀满和泛酸。对于胃痛的人来说，空腹食用山楂还会增强饥饿感，使疼痛加剧。
生山楂中的鞣酸与胃酸结合容易形成难以消化的胃石，长期存在会引发胃溃疡、胃出血甚至胃穿孔。因此，建议尽量避免食用生山楂，特别是胃肠功能较弱的人更应谨慎。医生建议将山楂煮熟后再食用。
胃酸过多、消化性溃疡和龋齿患者、消化不良者、心血管疾病患者、癌症患者、肠炎患者以及服用滋补药品期间都应避免食用山楂。脾胃虚弱者也应慎食，孕妇更不宜食用。
古代文献对山楂的食用也有诸多禁忌。《纲目》记载，生食山楂过多会使人烦躁易饿，损伤牙齿，尤其对牙齿已经腐烂的人来说，更不宜食用。《本草经疏》指出，脾胃虚弱且伴有积滞的人，应在服用补药的同时食用山楂，但也不宜过量。《得配本草》提到，气虚便溏和脾虚不食的人应禁用山楂，服用人参的人也应忌食山楂。《随息居饮食谱》则指出，山楂食用过多会耗气、损齿、易饿，空腹或体质虚弱者或病后虚人应忌食山楂。
