大金刚菩提子和小金刚菩提子的主要区别在于植物树种的不同，而不仅仅是尺寸大小。虽然尺寸是判断它们的重要标准之一，但它们属于不同的植物种类。根据生物学家的分类，大金刚和小金刚虽然同属一宗，但不同种。可以理解为尼泊尔大金刚种子类似于猩猩，而印尼种子则类似于猴子，虽然同属一宗，但本质上不同种。从外形上看，尼泊尔种子通常较大，而印尼种子通常较小，因此在收藏界通常用大小金刚来区分这两个种类。实际上，在国外的收藏界，通常用产地来标识种子的身份，如尼泊尔籽、印尼籽等，而不是用中国广义的“大金刚”或“小金刚”。
关于金刚菩提子的“正统”与“旁支”问题，19世纪已有生物学家研究这一科目，并有所发现。金刚菩提子树有360多种，但被宗教或收藏家认可的只有约6种，主要分布在尼泊尔、印度尼西亚、日本、印度、泰国、新西兰、北澳大利亚、斯里兰卡、菲律宾、斐济以及中国的南部和西南部。从大类来看，有海洋系和山地系两种谱系，尼泊尔和印尼的种子是最典型的代表。尼泊尔、印尼的种子在历史长河中，通过印度教文化和现代商业文化的融合发展，逐步被赋予了最“正统”的地位，但这种“正统”是否合理，值得商榷。除了被认可的6类树种外，其他的300多种类似树种都被视为“旁支”，外形和特性与金刚菩提子有明显差异。
关于“正统籽”的其他产地，如日本、印度、泰国、新西兰、北澳大利亚、斯里兰卡、菲律宾、斐济以及中国的南部和西南部，都存在金刚菩提子，但外形和品相会有所差异。目前最常见的是印度籽和中国籽。印度籽因其地理位置优越，山地和海洋的金刚都有，外形介于印尼和尼泊尔籽之间，种类丰富，但也有一些稀奇古怪的籽不被认可。中国籽主要分布在云南、海南、广东、广西，已有网友贴出相关资料。
关于尼泊尔是否有小金刚的问题，首先，小金刚的原产地并不在尼泊尔。尼泊尔出售的小金刚一个重要的来源是印度和印尼，已经形成了产业链，且这种金刚产业已经存在了几十年。所以在尼泊尔本地见到所谓“尼泊尔”小金刚时，要谨慎，很可能是印度或印尼的货物。据说也有尼泊尔本地产的小金刚，但质量参差不齐。
最后，尼泊尔人自居为金刚和刀的原产地，对其他地区的金刚持贬低态度，认为他们的把玩方式是正宗的，而轻视国人的文玩方式。然而，尼泊尔人可能不知道，在尼泊尔的《湿婆资料》中，湿婆神亲口提到的金刚菩提子的17个产地中，并不包括尼泊尔。这是对尼泊尔人金刚崇拜的一个讽刺。
