佛珠中菩提子是意义最大的，佛经中有手持菩提佛珠增福无量的说法。佩带菩提子佛珠的忌讳是：在上厕所或洗澡时最好把它摘下来，夫妻同房时绝对不能佩戴它。若复有人手持此菩提珠,不能依法念诵佛名及陀罗尼,但能手持随身,行住坐卧所出言说若善若恶,斯由此人以持菩提子故,所得功德如念诸佛诵咒无异。获福无量！佛珠乃身外之物, 我们念佛诵经主要是内心, 不要被物所系, 被物所碍。更不要被困在手上的佛珠是什麼质料, 要多少颗数, 要如何掐捻, 要拿在左手还是右手, 放高拿还是垂下。我们持珠但求方便及自在, 也不必要强求庸人自扰的持珠方法, 如「金刚经」所说: 「凡所有相皆是虚妄, 若见诸相非相, 即见如来」,佛珠也是相之一, 所以我们使用时不要过份计较它。
菩提子不止单指菩提树种子。菩提，是梵语的译音，是觉悟、智慧、知识、道路的意思。广义讲是断绝世间烦恼而成就涅盘的智慧。因佛主释迦牟尼在菩提树下证道，菩提即为觉悟之意。所以，菩提子便也有了成就佛果之意。佛陀说：若复有人手持此菩提珠，不能依法念诵佛名及陀罗尼，但能手持随身，行住坐卧，所出言说若善若恶，斯由此人以持菩提子故，所得功德如念诸佛、诵咒无异，获福无量。
菩提子佛珠分类众多。而最为常见的应该是星月菩提、凤眼菩提、龙眼菩提及金刚子菩提和白菩提根五种。
星月菩提。每颗菩提子上都有一个大点和许多小点，如众星拱月，象征着无量的宇宙。星月菩提可增慧，带来安宁、吉祥。显宗修炼者多带星月菩提佛珠。
凤眼菩提。每颗菩提子上均有一凤眼。凤眼象征祥瑞，用凤眼菩提制成的佛珠是密宗修炼者必不可少的法器之一。在藏传佛教中，菩提子佛珠即指凤眼菩提佛珠。近代对于汉地影响最大一位藏密祖师诺那活佛曾开示说：最好有一串凤眼菩提子念珠，修一切法均可通用，功德最大。
