1. 系统初始化差异
会计电算化系统与传统手工会计在系统初始化上存在显著差异。手工会计的初始化主要包括会计科目的建立、总账开设、余额登录等。相比之下，会计电算化的初始化更为复杂，涉及会计系统的安装、账套设置、权限配置、会计科目及其代码的构建、初始余额输入、自动转账分录定义以及会计报表名称、格式和数据来源公式的设定等。
2. 科目设置与使用的区别
手工会计通常将账户分为总账和明细账，并主要设立到三级账户，同时开设辅助账户以满足管理核算的需求。手工会计科目设置和使用通常仅限于中文科目。而在会计电算化中，财务软件可将科目级数设定为六级以上，同时提供中文科目及其对应的科目代码。在使用时，计算机通常只要求用户输入科目代码，而在显示和打印时，中文科目和对应的科目代码会同时显示。
3. 账务处理程序的差异
手工会计采用不同的会计核算形式，如记账凭证核算形式、科目汇总表核算形式等，通过分散收集、分散处理和重复登记的方法处理业务数据，通过多人多环节实现内部牵制和相互核对，以简化会计核算手续，减少舞弊和差错。会计电算化常用的是日记账文件核算形式和凭证文件核算形式，通常在一个会计系统中只采用其中一种核算形式，采用集中收集、统一处理和数据共享的方法。
4. 账簿格式的不同
手工会计中，账簿格式分为订本式、活页式和卡片式三种，其中现金日记账、银行存款日记账和总账必须采用订本式账簿。计算机会计系统由于打印机限制，通常打印出活页式账簿，并按规范装订成册。
推进会计电算化能够加强企业内部财务管理与资金监控，提高资金使用效率，降低资金风险，并推动其他管理领域的进步。特别是随着计算机软件技术和网络技术的快速更新和普及，会计电算化的发展提出了新的更高要求。我国企业和会计软件开发商应共同努力，消除不利于会计电算化发展的因素，推动会计电算化向更深层次发展。
