1. 核算工具的差异
手工会计使用算盘、机械或电子计算器进行核算，计算结果需手动记录，工作量大且效率低。电算会计则使用电子计算机，数据处理过程自动控制并存储结果，大大提高了工作效率。
2. 会计信息载体的差异
手工会计以纸张为信息载体，保存和查找困难；而电算会计将数据存储在磁性或电子材料上，便于多份备份、保存性好，查阅方便，数据可用率高。
3. 记账规则的差异
手工会计规定使用订本账册和活页账册，错误更正需划线，空行空页需划销。电算会计则不允许已登记账目的数据更改，错误的更正需使用软件提供的“冲销凭证”或“补充凭证”法，以保持审计追踪线索。
4. 账务处理流程类型的差异
手工会计有四种账务处理流程类型，但存在重复转抄和计算的弱点。电算会计有两种账务处理流程方案：模仿手工会计流程的方案和理想化的全自动处理流程方案，包括凭证磁性化、财务报表中心处理、用户定义输出形式等。
5. 内部控制方式的差异
手工会计的内部控制主要通过组织制度和岗位牵制制度实现。电算会计在保留手工会计的内部控制方式外，增加了程序控制方式，使得内部控制形式更为丰富。
