微生物的分类包括细菌、病毒、真菌、立克次氏体、支原体、衣原体和螺旋体。
1. 细菌
细菌，也称为真细蚂轮首菌（eubacteria），是一类体积微小、结构简单、细胞壁坚韧、通过二分裂进行繁殖的原核生物。根据形态，细菌可以分为球菌、杆菌和螺旋菌（包括弧菌、螺菌、螺杆菌）。
2. 病毒
病毒是一种体积微小、结构简单、只含有一种核酸（DNA或RNA）、必须在活细胞内寄生并以复制方式增殖的非细胞型生物。病毒是一种非细胞生命形态，由一个核酸长链和蛋白质外壳构成，缺乏自我代谢机构和酶系统。病毒必须侵入宿主细胞才能利用其物质和能量，以及复制、转录和转译的能力，产生新一代病毒。
3. 真菌
真菌是一种真核生物，最常见的真菌是各类蕈类，也包括霉菌和酵母。目前已知的真菌种类超过七万种，但估计仅为存在种类的一半。真菌原先被归入动物或植物界，现在则作为独立界别，分为四门。
4. 立克次氏体
立克次氏体是一类严格细胞内寄生的原核细胞型微生物。它们以节肢动物为传播媒介，可引起斑疹伤寒和斑点热等传染病。立克次氏体的形态多样，大小介于细菌和病毒之间，革兰氏染色结果为阴性。
5. 支原体
支原体是一类没有细胞壁、高度多形性、能通过滤菌器、可用人工培养基培养增殖的最小原核细胞型微生物，大小为0.1～0.3微米。
6. 衣原体
衣原体是一种原核细胞型微生物，可以感染人体。从形态大小来看，衣原体比细菌小，但比病毒大，一般寄生在动物细胞内闷数。
7. 螺旋体
螺旋体是一类细长、柔软、弯曲呈螺旋状、运动活泼的原核细胞型微生物。在生物学位置上，螺旋体介于细菌与原虫之间。螺旋体在自然界中广泛分布，常见桐悉于水、土壤及腐败的有机物上，也存在于人体口腔或动物体内。
