保靖县的历史变迁可追溯至春秋战国时期，当时属楚国地界。楚威王三年（公元前337年），在今日保靖县所在地设立黔中郡，以黔山为名，该郡当时涵盖了湖南西部及贵州东北部地区。公元前280年，秦国占领黔中郡，但不久失守。随后在公元前277年，秦再次攻占巫郡、黔中郡及江南部分地区，并重新设置黔中郡，其范围包括现今湖南沅水、澧水流域，湖北清江流域，以及重庆黔江流域，保靖位于黔中郡中部地带。
西汉高祖五年（公元前202年），黔中郡被改称为武陵郡，并将湘西五溪之地设置为迁陵县，县治所在今日迁陵镇东酉水北岸的乳香岩，被称为“四方城”。西汉末期，王莽将迁陵县更名为迁陆。东汉时期，迁陵县得以恢复，继续隶属于武陵郡。三国和两晋时期，该地依旧属于武陵郡。南北朝时，宋孝建元年（454年）设立武消哗陵太守，齐颂祥复武陵郡，将迁陵县改为零陵县。梁朝时期，设置沅陵郡，并设立大乡县，零陵县被分割进入大乡，并隶属沅陵郡。隋唐两代沿袭此制。
唐贞观九年（635年），从大乡部分地域中分割出来，建立了三亭县，因其西部有三亭古城而得名，县治所设在堡子街（今迁陵镇后街坡），隶属于辰州。武后天授二年（691年），从辰州大乡分割出洛浦县，以县西的洛浦山命名，县治所在保靖县西南部的地野桥搏，被称为“西洛”（今大妥乡甘溪村），隶属溪州。天授三年（692年），大乡县和三亭县被分割出来，隶属溪州。长安四年（704年），改属锦州。唐玄宗先天二年（713年），三亭县得以恢复，继续隶属溪州。
五代后梁开平元年（907年），三亭县被改为保静州。宋太祖建隆元年（960年），该地被改为羁縻保靖州，隶属于荆湖北路。元初，保靖州名称有所变更，归新添葛蛮安抚司管辖。至元二十六年（1366年），保靖州改称保靖州军民安抚司。明洪武元年（1368年）九月，安抚司升格为宣慰司。洪武六年（1373年）十二月，保靖州军民宣慰使司成立，直属湖广布政使司，后改属湖广都司，领导两个长官司，即五寨长官司和竿子坪长官（今凤凰地）。雍正四年（1726年），设立同知。雍正七年（1729年），实施“改土归流”，废除土司世袭制，设立保靖县，县治所在迁陵，隶属永顺府。
1949年11月至1952年10月，保靖县属永顺专署。1952年10月，永顺专署撤销，成立湘西苗族自治区。1954年3月，湘西苗族自治区更名为湘西苗族自治州，1957年9月20日，湘西苗族自治州改为湘西土家族苗族自治州，保靖县始终归属其管辖。
