新《还珠格格》的剧情描述了以下几个主要故事线：
1. 小燕子和紫薇的相识与身份交换：小燕子，一个活泼自由的街头女孩，与才艺出众的紫薇格格在北京相遇。命运的安排下，小燕子误打误撞地进入皇宫，成为了“还珠格格”，而紫薇则进入学士府，两人身份互换。
2. 小燕子与永琪、班杰明的趣事：小燕子在皇宫中与永琪和班杰明发生的种种误会和趣事。班杰明与永琪情同手足，但都对小燕子有着不同的情感。
3. 紫薇与尔康的爱情：紫薇被尔康的深情所吸引，两人相知相许。尔康带领紫薇进入他们的秘密基地，并在多个自然景观中见证了他们的爱情誓言。
4. 小燕子与宫中生活的适应：小燕子与紫薇从街头卖艺女子变成皇宫格格，面对宫廷生活的不适应，引发了一系列笑话和误会。
5. 皇后的敌意与小燕子的应对：小燕子与皇后结下梁子，但她的坦率纯真让永琪和班杰明经常为她解围。
6. 尔康揭秘紫薇身份：尔康知道紫薇的真实身份，帮助她与父亲相认，并爱上了她。
7. 小燕子制造的惊喜与惊吓：小燕子学习到“惊喜”一词的意义，开始为周围的人制造惊喜，但有时也会变成惊吓。
8. 皇上的认可与柳青柳红的加入：皇上对小燕子的喜爱日益加深，甚至破例让柳青柳红进入皇宫，为小燕子和紫薇带来惊喜。
9. 愉妃与小燕子的关系：愉妃，永琪的母亲，对小燕子进入她的家庭感到高兴，但小燕子的坦率有时也会让她感到困扰。
10. 小燕子与漱芳斋的人际关系：小燕子与漱芳斋中的宫女太监建立起深厚的感情，一起经历了许多欢笑与泪水。
11. 塞娅与尔泰的爱情：塞娅公主看上了尔康，但为了紫薇的幸福，小燕子透露了紫薇的真实身份，导致紫薇和小燕子入狱。
12. 逃亡与浪迹天涯：为了逃避皇上的愤怒，小燕子、紫薇和其他主角开始了逃亡生活，最终浪迹天涯。
新版《还珠格格》在剧情上进行了调整，加入了新的人物和情节，使得故事更加丰富和复杂。
