在《大航海时代4》中，每艘船的舱室都有其独特的作用，对于船长而言，了解这些舱室的职责至关重要。舰长室是核心，舰长的统率力决定了船队的航行效率。测量员与舰长协作，能够使船只实现自动航行。而副官室里的副官则负责与同业工会交涉，说服力越高，能获得的指令也越多。
参谋室的参谋拥有谋略术，能够在酒馆运用策略，其能力的高低决定了能使用的策略数量。在陌生海域停泊时，参谋可以帮助船队获取该海域势力的情报。主计室的主计长则在交易时发挥关键作用，会计术越高，讨价还价的能力就越强。
舵轮和测量术是操控船只的关键，操舵手和测量员的驾驶术和测量术能力值决定了船只的灵活性和航行精度。了望台上的了望手则负责监视港口和宝物，尤其是在游戏初期，其观察力的重要性不言而喻。
甲板要员在肉搏战中承担重要角色，但他们的生命力较低，容易产生不满。冲锋队长和炮击手则活跃于单挑和肉搏战，他们的剑术和命中力决定了战斗的胜负。
船木工在木材室工作，其测量术能力值较高，使得船只可以在不需要靠港的情况下自动修理。医务室里的船医则具有高观察力，能够有效预防疾病的发生并治疗船员。
厨房的大厨和饲养室的饲养员在物资管理方面发挥作用，他们的命中力决定了物资消耗的速度和船员的疲劳度。
礼拜室里的传教士则负责船员的精神状态，其说服力较高，能够降低疲劳度并发放流行交易品。单人房和娱乐室则为船员提供了休息的空间，帮助他们恢复身体与精神状态。
最后，物资仓库和货物仓库分别存放水和粮食以及交易品，确保船队能够顺利航行和交易。
