上部循环过滤（上滤）是最常见的过滤方式，大多数成品缸配套的就是这种过滤方式。在鱼缸顶部靠近灯管位置设有一过滤槽，过滤槽内可放置过滤棉、活性炭、玻璃环等，潜水泵将水抽入过滤槽，再由过滤槽底部的出水口流回到水族箱内。这种过滤方式的最大优点是清洗方便，当过滤材料很脏时，可以很方便地取出进行清洗。但因空间所限，过滤槽的容积小，放的滤材较少，因而过滤功能较弱。上部过滤系统不适用于种植水草，水流会减少水族箱中二氧化碳的滞留时间，同时过滤器的水流还会将空气中的氧气大量带入水中，水中容氧量增加，会使喜好氧气的藻类大量生长，影响水族箱的观赏效果。
内置式过滤（沉水式过滤器）由潜水泵与过滤槽直接连接在一起，沉在水中，在过滤槽内有一块卷筒状的过滤棉缠绕在一个漏网的圆柱上，在圆柱的内部有许多生物球，便于硝化菌的附着。这种过滤器的最大优点是声音轻，水流方向可以根据需要进行调节，适应以水草为主的水族箱用。内置式过滤器的出水口有下个连接二氧化碳的入气口，二氧化碳可以经过此口进入水中，二氧化碳经过水流的冲击，可以很均匀地分散到水族箱的每个角落，被水草吸收。但是，机械过滤杂质的效果不如上部过滤器，因为，过滤后的污物，附着在过滤棉上浸在水中，容易造成二次污染。内置式过滤器清洗也很方便，只要将内部的过滤棉取出清洗即可，由于内置式过滤器的表面与水的接触面比较大，它的单位面积的吸水功率小，最适宜小型鱼缸、饲养小型鱼类和鱼类繁殖期间使用，或作为鱼缸的辅助泵造流使用。
底沙过滤是一种过滤方式，用一层较厚的细沙将相连通的、管身锯有细小裂纹的水管埋在缸底，水流在水泵的吸力下经过细沙过滤进入沙底的水管，再被抽至水族箱的上层水面，这种过滤方式常被用在草缸中。其优点是初期比较美观，但因鱼饵、鱼便积压在沙中无法及时清除，时间长了沙易变黑，积压的有机质、氨氮等超过了硝化系统的处理能力，造成鱼缸水质日益恶化而鱼病不断，整缸清洁时也很麻烦。
底缸过滤在放置鱼缸的桌下有一盛放滤材的小缸，小缸被分成几格以放置不同滤材，水从缸顶溢下，经过滤材后再被抽回缸内。因盛放滤材的空间大，所以硝化过滤功能强，比较适合饲养中、大型鱼，且清洁、更换滤材便利。但对水泵的功率要求较高，功耗大且噪音较大。
背滤/侧滤是在鱼缸的背部或侧部用玻璃隔出一部分做过滤，其内部分成几小格用于放置滤材（或过滤设备）和循环泵，一边设有溢流口，当水泵把水从过滤部分抽向鱼缸时，鱼缸溢出的水通过溢流口流入过滤部分的第一格，在隔板的引导下“从上到下”或“从下到上”流经各种滤材，水从最后一格通过水泵再次送入鱼缸，如此循环。其缺点是挤占了鱼缸空间，影响视觉效果，清洁、更换滤材比较麻烦。
滴流式过滤是个集成的过滤器，它将物理过滤与生物过滤合在一个过滤槽中，在此过滤槽中分成几个室，过滤槽的上层为物理过滤室，放置有生化棉、生化石和生化磁环，作用是减低水的流速，增加水与空气的接触面，使水能含有最大的容氧量，为好氧性细菌提供最理想的生存环境。这个过滤室主要完成初始的杂质过滤。第二个过滤室为生化过滤室，在其中有许多塑胶制成的生物过滤球，供硝化细菌附着繁殖用。第三个过滤室为活性炭，去除水中的臭味和黄色物质。这种过滤方式能最大限度地将水中的杂质过滤干净。但鱼缸需承受一定重量，所以做多层上滤时一定要考虑鱼缸的承受能力。
外置过滤桶所有的滤材、水泵都藏在一个过滤桶内，在过滤桶内有4～5个过滤盒，每个过滤盒内都有不同的过滤材料，一般首层放置过滤棉，对水质进行初级过滤，将水中的杂质过滤干净，另外几层可以放置瓷环、活性碳等，通过盒内大量的硝化细菌对水中的氨氮、亚盐进行生化过滤，形成一个物理与生化组合的完整过滤系统。常用来补强成品缸的硝化过滤系统，尤其是较高密度养鱼或鱼对水质的要求高时。
生化棉过滤/气举动式生化过滤器是过滤器中最简单的过滤器，它是通过增氧泵吹气到生化棉以造成水流由生化棉的外部向生化棉的内部流动，同时通过气泵的不断吹气，为硝化细菌提供大量的氧分，在流动中将脏物留在生化棉上，再由水中或生化棉上的硝化菌来分解，形成一个生物过滤的环境。生化棉主要用于饲养超小型的鱼类，如红绿灯、金丝等，因为，超小型鱼类的体型一般较轻，容易被过滤器吸入过滤槽内，生化棉过滤器可以避免这个问题，但是，生化棉过滤器不适应在水。
