巧克力分为纯巧克力与复合巧克力，其中纯巧克力主要由可可脂制成，而复合巧克力则含有代可可脂或其他植物油脂。无论是哪种类型，巧克力中的蛋白质等成分若存放时间过长，其品质可能会下降，例如过氧化值增高，进而影响口感和安全性。
过氧化值是衡量食品中油脂氧化程度的指标，当过氧化值超标时，巧克力的品质会受到严重影响。普通人无法仅凭肉眼判断巧克力是否过氧化值超标，只有通过专业仪器才能检测出来。食用过氧化值超标的巧克力，可能会引发肠胃不适、腹泻等症状，严重时甚至可能损害肝脏。
巧克力的保存期限通常为一年左右，但具体情况会因产品配方而异。例如，含有鲜奶或高含量牛奶成分以及榛果类的巧克力，其保存期限较短，因为其中的不饱和酸含量较高，容易被空气氧化，导致巧克力更容易变质。
此外，巧克力表面出现白霜的情况也较为常见，这可能是由于保存不当导致的。如果储存环境潮湿，巧克力中的糖分会溶解在表面水分中，待水分蒸发后，会留下一层糖霜。即使巧克力是密封包装的，水分仍可能从包装的缝隙渗入，导致表面出现糖霜。可可油晶粒也有可能溶解渗透到巧克力表面再次结晶，导致巧克力表面结霜。尽管表面结霜会影响巧克力的口感，但它对人体并无害处。
为了保持巧克力的最佳品质，建议现买现吃。购买时要留意生产日期，并尽量缩短保存时间。储存巧克力的最佳温度范围是5℃至18℃。夏天室内温度过高时，最好用塑料袋密封后放入冰箱冷藏室。取出时请勿立即打开，让它慢慢回温至接近室温后再食用。冬天室内温度低于20℃时，可将巧克力储存在阴凉通风处。
