水晶宫足球俱乐部自1905年成立以来，在伦敦南部的Sydenham Hill上的玻璃宫开始了它的足球旅程，并逐渐发展成为国家运动中心。1918年，俱乐部加入全国丙级联赛，并在1921年夺得冠军，从而升入乙级。但在1925年，由于在联赛最后一轮输给了奥尔德汉姆，俱乐部降级回到丙级。
1958年，随着全国丁级联赛的成立，水晶宫成为首批加盟的球队之一。尽管此前曾多次获得丙级联赛亚军，但始终未能晋升乙级。1961年，球队终于实现升入丙级的愿望，并在三年后成功晋阶乙级。
1969年，水晶宫在击败富勒姆后首次晋级甲级联赛。然而，接下来的四个赛季表现不佳，再度跌落至丙级。尽管他们曾接近成为首支进入足总杯决赛的丙级球队，在连续战胜切尔西、利兹联和桑德兰后，在半决赛中以0:2的比分输给了南安普顿。
1977年，维纳布尔斯教练的加盟使得球队再次升入乙级，并在1979年升至甲级。但好景不长，两个赛季后，俱乐部再次降级。1981年，Ron Noades在俱乐部面临危机时接管了球队，1984年他聘请了年轻的斯蒂夫·科佩尔，两人合作在1989年通过升级附加赛击败布莱克本，带领球队重返甲级联赛。
1990赛季，尽管在联赛中以0:9的比分惨败于利物浦，水晶宫却在足总杯中成功复仇，首次晋级决赛。尽管在决赛中失利，但伊恩·赖特的两粒进球已成为球迷心中的经典。1990/91赛季，俱乐部取得了历史上的辉煌成就，获得甲级联赛第三名，并赢得了ZDS杯。
1993年降级后，Coppell教练离开，接下来的赛季水晶宫经历了升降级的循环。1996年，Dave Bassett成为俱乐部的主教练，在他的首个赛季中带领球队进入升级附加赛决赛，但遗憾的是未能实现升级。1997年，俱乐部成功升入超级联赛，但Bassett随后离开，Coppell再次执教。然而，1998年球队再次降级。
经过一系列挑战后，在2003/04赛季，道维教练的带领下，水晶宫最终成功晋级。目前，水晶宫足球俱乐部作为英格兰冠军联赛的成员，继续在塞尔赫斯特公园球场书写他们的历史。
