1. 成分差异：神曲由面粉、麸皮、杏仁泥、赤小豆粉以及青蒿、苍耳、辣蓼等植物混合发酵制成。而建曲的组成成分包括辣蓼、苦杏仁、山楂（炒）、苍术、白芷、紫苏等药材。
2. 功效之分：神曲主要功能是健脾消食，帮助促进消化，适用于治疗消化不良、食欲不振、腹胀、呕吐等症状。建曲则以解表和中为主，能缓解寒热头痛、食积停滞、呕吐胀满等病症。
3. 禁忌注意：孕妇及口腔干燥、便秘的患者应避免使用神曲。建曲不适合风热感冒患者服用，同时高血压、心脏病、肝病、糖尿病、肾病等慢性病严重者应谨慎使用。
4. 定义区分：神曲是一种传统的中成药，由辣蓼、青蒿、杏仁、苍耳等药料与面粉或麸皮混合发酵制成。它可以单独使用，也常与其他药物配伍。建曲则是一种黄褐色的块状物，表面粗糙，质地疏松，具有清香味道，主要用于疏风解表、消食开胃等。
5. 相似功效：建曲和神曲都具有消食化积的功效，但建曲额外具有理气化湿、健脾和中的作用，特别适用于治疗暑湿泄泻、呕吐不食等症状。
