1. 神曲的成分主要包括辣蓼、青蒿、杏仁等中草药，部分地区还会加入苍耳子、赤小豆等。这些原料与面粉和麦麸混合后发酵，制成神曲。
2. 建曲的主要成分有枳壳、枳实、香附、白芍，有时还会加入首乌、白扁豆、元胡、槟榔等中草药，因此中药成分较神曲稍多。
3. 神曲的制作工艺是将中药材与面粉和麦麸混合后发酵。建曲制作则需先将中药材研磨成粉末，加入麦皮、面粉等成分煎煮，混合均匀后发酵。发酵出黄色菌丝后，还需晒干烘烤，并在储存后再晒制，工艺相对复杂。
4. 神曲主要用于治疗饮食积滞、脘腹胀满、食少纳呆等症状，具有消食和胃的功效。建曲因添加了薄荷、防风、荆芥、紫苏等解表药，也具有解表祛风的功效，对感冒头痛等症状有一定治疗作用。
5. 总体而言，建曲与神曲在功效、制作方法、特点上存在差异。建曲能健脾益气、祛湿利水、解表中和，适用于脾胃功能不佳的患者。神曲主要功效为健脾消食、理气化湿。
