1. 民生项目绩效评价缺乏统一指标体系
在公共财政视角下，财政资金绩效评价应关注资金在社会事业即民生领域的投入比例和具体用途。目前，对于如何界定民生投入，包括环保、教育、交通、居住等领域的支出，尚无统一标准，亟待建立科学合理的指标体系。
2. 绩效评价理念未深入人心，认识存在分歧
由于财政资金涉及多方利益，对绩效评价的认识存在复杂性。不同部门如财政部门、项目管理单位及执行单位对绩效评价的理解存在差异，影响了评价工作的有效实施。绩效评价尚未成为一项独立、全面的监管活动，传统的观念对其造成了较大阻力。
3. 绩效评价实施主体不清晰
与西方国家和国际组织相比，我国在财政绩效评价的实施主体方面尚无明确界定。不同地区和机构执行绩效评价的方式多样，导致评价结果存在较大差异，影响了评价的客观性和公正性。
4. 绩效评价缺乏法律约束和制度保障
为了确保绩效评价的有效性，需要立法支持并实现其制度化。然而，我国尚未出台全国统一的财政资金绩效评价法律法规，导致评价工作缺乏必要的法律和制度框架。
5. 缺乏权威的管理机构
西方国家和国际组织设有专门的管理机构负责公共支出绩效评价，而我国缺少这样一个具有权威的综合管理机构。目前，绩效评价工作分散在各个管理部门，导致标准不统一，缺乏全面的评价体系。
6. 绩效评价成本高，行政效率低下
由于缺乏统一的评价项目确定模式，哪些项目需要进行绩效评价尚不明确，导致评价活动具有较大的随意性。此外，如何通过与其他监督手段的衔接来强化对未评价项目的监督也是一个待解问题。
7. 评价指标缺乏科学性和系统性
当前的财政资金绩效评价指标体系不够完善，指导性不足，实施方法存在困难。虽然具体且操作性强，但过于简单和量化的指标不能全面反映项目支出的效果。
8. 评价范围有限，内容不完整
绩效评价内容往往只关注合规性而忽视效益评价，且评价对象仅限于项目本身，忽视了项目内外部因素的综合分析，未能为政府宏观决策提供充分服务。
9. 缺乏专业人才
绩效评价中介机构缺乏足够的专业人才，难以满足评价工作的需求，影响了评价的客观性和公正性。建立专业人才库等措施对提升评价能力至关重要。
10. 评价结果应用不足，缺乏约束力
绩效评价结果的公开度不高，且评价结果与项目立项和资金安排的关联性不强，缺乏有效的激励和约束机制。这导致评价工作往往流于形式，削弱了其权威性和深入实施的效果。
