婴幼儿便秘的原因多种多样，主要包括饮食不足、食物成分不当、肠道功能失常、体格与生理的异常及精神因素。
饮食不足是导致婴幼儿便秘的一个重要原因。婴儿进食量过少时，消化吸收后剩余的液体较少，导致大便量减少且变稠。如果奶中糖分不足，肠蠕动减弱，大便也可能变得干燥。长期饮食不足还可能导致营养不良，腹肌和肠肌张力下降，甚至萎缩，进一步加重便秘。
食物成分不当同样会影响大便性质。若食物中蛋白质含量过高，碳水化合物不足，肠道菌群会继发改变，肠内发酵过程减少，大便呈碱性且干燥。反之，若食物中碳水化合物较多，肠道发酵菌增多，发酵作用增强，产酸多，大便呈酸性且次数增多，质地软。如果摄入大量钙化酪蛋白，粪便中会含有大量不易溶解的钙皂，大便增多且易便秘。米粉、面粉类食品较谷类食品更易导致便秘，这与它们含有的纤维素较少有关。小儿偏食，尤其是肉类摄入过多而蔬菜摄入不足，也容易引起便秘。
肠道功能失常也是便秘的常见原因。生活不规律、缺乏按时排便的训练，未形成排便条件反射，以及学龄儿童因没有清晨排便的习惯或课堂上憋住大便，都可能导致便秘。长期使用泻药或灌肠、缺乏体力活动或患有某些慢性疾病如营养不良、佝偻病、高钙血症、皮肌炎、呆小病和先天性肌无力等，均可能因肠壁肌肉无力、功能失常而引起便秘。交感神经功能失常、腹肌软弱或麻痹也常导致大便秘结。某些药物如抗胆碱能药物、抗酸剂、某些抗惊厥药、利尿剂以及铁剂等，也可能因减少肠蠕动而导致便秘。
体格与生理的异常也是便秘的一个重要原因。肛门裂、肛门狭窄、先天性巨结肠、脊柱裂或肿瘤压迫马尾等都能引起便秘。通过肛门指检、下部脊柱和会阴部检查，可以发现这些问题。有些孩子从出生起就便秘，可能与遗传因素有关。
精神因素同样会影响婴幼儿的排便情况。突然的精神刺激或环境和生活习惯的突然改变也可能导致短时间内的便秘。
一旦宝宝出现便秘现象，首先要查明便秘的原因，再根据具体情况采取合适的治疗措施。同时，注意改善宝宝的饮食习惯，训练宝宝养成定时排便的习惯。
