在1936年5月4日，亨克尔在奥拉宁堡开始建设一座新的工厂，专门用于生产He 111中型轰炸机。经过一年的建设，第一架He 111于1937年5月4日从生产线上下线。这座工厂原本是由德国政府投资建造，并归德国政府所有，但后来帝国航空部门（RLM Luftwaffe）的行政办公室建议将这座工厂命名为“恩斯特·亨克尔公司（Ernst Heinkel GmbH）”，并以500万帝国马克的资本成立公司。恩斯特·亨克尔本人持有公司150,000帝国马克的股份。
在开战的第一年，这座工厂便生产了452架He 111s和69架Junkers Ju 88。到了1939年9月，德国空军共接收了808架He 111。恩斯特·亨克尔在他的回忆录中提到，1939年又生产了452架，使得总数达到了1260架。然而，1940年的不列颠空战中，He 111遭受了重大损失，共有756架被摧毁。与此同时，Ju 88的生产量增加到了1816架。在巴尔干半岛和东战线的战斗中，He 111也遭受了重大损失。
为了弥补损失，He 111在1941年的产量增加到了950架。到了1942年，产量进一步提升至1337架。尽管Ju 88的生产数量仍然较高，在1942年达到了2270架。1943年，He 111的产量进一步提高至1405架，但Ju 88的生产量达到了2160架。
在1944年，盟军轰炸机对He 111的生产设施发起了攻击，但在“大周未”行动中未能成功阻止或破坏生产。截至1944年底，亨克尔公司共生产了756架He 111。同时，Junkers公司生产了3013架飞机，其中600架为轰炸机版本。在1939年至1944年期间，亨克尔He 111的总产量达到了5656架，而Ju 88的总产量为9122架。
由于德国空军当时正处于战略防御阶段，He 111和Ju 88的生产最终都被中止。最后一批He 111的生产在1944年9月，其中包括118架轰炸机。此外，还生产了21架Junkers Ju 87、74架Junkers Ju 188、3架Junkers Ju 388和18架Arado Ar 234。亨克尔的一些发展型号并未投入生产，包括He 177，仅有两架He 111被建成。
