绿幽灵水晶的鉴别主要依赖于其物理特性，以下是一些鉴别方法：
触摸法：水晶因其晶体结构，传热速度较快，所以触摸水晶时会感到冰凉，佩戴一段时间后会逐渐与体温相适应。而玻璃则会有温热的感觉。
内含物观察：使用20倍的珠宝放大镜观察，水晶内部常常包含天然的气液包体、絮状物、共生矿物、冰裂或层裂等瑕疵，几乎无瑕疵的晶体通常存在问题。玻璃表面和内部常有漩涡状细纹，类似于蜂蜜倒入清水中的现象。关于气泡的问题，虽然含有气泡的晶体可能被列为玻璃，但天然水晶也可能含有气泡，这些气泡通常是微小且密集的，具有水润感，如同石中的雾气，分布均匀，有美感。而劣质玻璃中的气泡形状和排列多不规则，缺乏整体感。尽管如此，用于仿冒水晶的玻璃通常制作精良，不会显得粗糙。
断口鉴别：玻璃断口呈光滑弯曲如贝壳的凹痕，而水晶断口处则会显现出矿石质感，断面不会出现玻璃特有的痕迹。
硬度区分：水晶的硬度为7，而玻璃通常为5.5左右，因此水晶可以划刻玻璃而无痕，玻璃则会有划痕。
眼看区分法：天然绿幽灵包裹体中通常夹杂一些红色或白色的幽灵，而染色的绿幽灵颜色则较为鲜艳，晶体通常也会被染色成浅绿色或其他颜色，需要仔细区分。
