在分离菌落时，通常采用稀释涂布平板法或划线涂布法，将样本接种于固体培养基表面，通过选择性培养和鉴别步骤获得单菌落。为了确保菌落的“均匀生长”，需要对单菌落进行适当稀释，然后用涂布法接种于固体培养基表面，并在适宜的温度下培养。一般而言，当菌落数保持在30-300之间时，可以进行计数。
在进行抗药性检验时，如果观察到透明的圆圈包围着菌落，这通常表明该抗生素能够抑制该细菌的生长，透明圈的大小则反映了抗生素抗菌效果的强弱。例如，当四个滤纸片周围出现透明圈的大小顺序为A＞C＞D＞B时，可以推断抗生素A对该致病菌的效果最佳。含C的滤纸片周围透明圈比含A的小，说明该致病菌对C的敏感性较A弱。若抗生素B的滤纸片周围没有出现透明圈，可能是因为该病人长期服用抗生素B导致致病菌产生了抗药性。
透明圈中如果出现一个菌落，可能是由于接种过程中不严格导致的杂菌污染，也可能是基因突变产生的抗生素D的耐药菌。基因突变具有不定向的特点，因此产生的结果难以预测。透明圈中出现一个菌落，可能是杂菌污染也可能是基因突变导致的耐药菌。
在实验操作中，培养基的灭菌方法通常采用高压蒸汽灭菌，而接种环的灭菌方法则是灼烧灭菌。为了防止杂菌污染，接种过程应在点燃的酒精灯旁进行。因此，培养基的灭菌方法为高压蒸汽，接种环的灭菌方法为灼烧，接种过程应在点燃的酒精灯旁进行。
