火影忍者大乱斗2游戏中，每位角色的操作方式略有不同。鸣人的技能组合包括：螺旋丸，快捷键为↓，→，U；螺旋手里剑，快捷键为↓，→，U；飞镖，快捷键为→，U；风魔手里剑，快捷键为→，U；回旋踢，快捷键为↓，←，K；分身踹，快捷键为→，→，K；踢一脚再追击一脚，快捷键为K，↓，→，K；瞬间移动再打一拳，快捷键为→，→，J；上勾拳，快捷键为↓→，J。
鼬的技能包括：火遁·大火球之术，快捷键为↓，→，U；万花筒写轮眼：天照，快捷键为↓，←，U；万花筒写轮眼：月读，快捷键为↓，←，U；飞踢，快捷键为↓，→，K；到地踹，快捷键为↓→，K；分身后脑踹，快捷键为↓，←，K；手里剑勾击，快捷键为↓→，J；分身拳再一飞镖，快捷键为↓，→，J，J；连续拳，快捷键为→，→，J；分身拳，快捷键为↓，→，J。
佐助的技能组合为：千鸟，快捷键为↓，→，U；暗黑千鸟，快捷键为↓，→，U；火遁·豪火球之术，快捷键为↓，←，U；回旋踢，快捷键为↓，→，K；下踢，快捷键为↓，←，K；扫堂腿，快捷键为↓→，K；三连击，快捷键为↓→，J；手里剑勾击，快捷键为↓，→，J。
卡卡西的技能包括：雷切，快捷键为↓，→，U；万花镜写轮眼，快捷键为↓，→，U；飞镖，快捷键为前进时，U；三连击，快捷键为↓→，J；空手劈，快捷键为↓，→，J；二连拳，快捷键为→，→，J；大脚飞踢，快捷键为↓，→，K；倒地腿，快捷键为↓→，K；单脚飞踢，快捷键为→，→，K。
我爱罗的技能组合为：绝对防御，快捷键为↓，→，U；飞镖，快捷键为前进时，U；砂之刺，快捷键为→，J；砂之拳头，快捷键为↓→，J；砂之大拳头，快捷键为←，J；砂之箭，快捷键为↓，K；中距离砂之脚，快捷键为↓→，K；远距离砂之脚，快捷键为→，→，K。
丁次的技能包括：肉弹战车，快捷键为↓，→，U；飞镖，快捷键为前进时，U；肉弹气球，快捷键为↓，→，J；部分倍化术：手，快捷键为↓→，J；泰山压顶，快捷键为→，→，J；部分倍化术：脚，快捷键为↓，→，K；倒地踹你脚，快捷键为→，→，K。详情
