在咖啡消费频繁的地区，人们常面临缺铁性贫血的困扰，这主要是因为咖啡会干扰人体吸收铁质的过程。咖啡中的咖啡因成分能够激活中枢神经系统，产生紧张、焦虑和睡眠障碍。同时，它还会刺激胃酸分泌，增加血液中的脂肪酸和葡萄糖水平。
科学研究显示，女性若摄入过多咖啡，可能会加速骨密度的下降。对于血压偏高的个体，医学建议减少咖啡的饮用量，连续饮用2-3杯咖啡可能会导致血压上升。研究还指出，过量饮用咖啡可能提升坏胆固醇的水平，但后续研究发现，真正影响血清胆固醇的并不是咖啡因，而是咖啡豆中的油脂。通过使用滤纸过滤咖啡，可以去除豆油，降低这一影响。
长期过量饮用咖啡可能导致牙齿变色、关节炎等健康问题。咖啡因还能促使胆囊收缩，对胆结石患者来说，饮用咖啡可能会加重其症状。此外，咖啡因的摄入还可能增加颈动脉阻力，减少胎儿血液供应，从而导致婴儿出生体重偏低或孕妇流产。
研究显示，每天饮用超过200毫升咖啡的男性和女性中，其炎症指标如C反应蛋白、组织坏死因子及白细胞计数显著上升，且饮用量越大，指标上升幅度越大。炎症指标的升高与心血管疾病风险增加有关，因此，有心律不整或心血管疾病的人应避免或限制咖啡的摄入。
咖啡摄入量过大会导致钾离子流失，影响肾功能。建议每天咖啡摄入量不超过1000毫升，否则可能达到中毒标准。有艺人因饮用咖啡减肥而导致严重副作用的案例表明，每天摄入5-10克咖啡因（相当于45杯滴注式研磨咖啡或23杯300毫升马克杯咖啡）可能导致全身抽搐、昏迷或心脏麻痹，甚至有生命危险。
咖啡因的摄入量同样适用于市售含咖啡因饮料。每天摄入咖啡因超过500-1000毫克（约4杯滴注式研磨咖啡或2杯300毫升马克杯咖啡）可能导致轻度中毒症状，如烦躁不安、焦虑、心悸、恶心感及尿量增加。
过量饮用咖啡因易导致成瘾，摄入量越大，成瘾风险越高。咖啡成瘾者一旦停饮，可能会出现头痛、疲倦和打呵欠等症状，但通过坚持数天戒断，症状会逐渐消失。
