鼠标移动不灵活是指在大幅度移动鼠标时，屏幕上的指针能正常移动，但在小幅度移动时，指针多半不能移动。这表明鼠标安装正常，电路工作也正常，但故障原因可能是橡皮小球不能有效地带动光栅盘转动。通常，这是由于橡胶小球、左右轴、前后轴及支撑轮太脏，引起转动不灵活所致。对于光电式鼠标，由于没有转动的橡胶小球和滚轴，所以不存在因转动不灵活而导致鼠标移动不灵活的现象。不过，当发光管或光敏管上积尘太多时，也可能导致鼠标移动不灵活。
鼠标只在一个方向上移动，而另一个方向不起作用，说明有一个方向上的滚轴没有转动，或相应的一组发光二极管与光敏三极管至少有一个损坏。机械式鼠标处理时，首先旋转活动底板，取下活动底板和橡胶小球，然后用手直接转动滚轴。如果有一根滚轴不能转动，或转动比较困难，说明故障是由于滚轴没有随小球的滚动所致。滚轴不能转动可能是由于被脏物卡住，将脏物清理干净即可排除故障；如果两根滚轴均转动灵活，并且用手转动滚轴时，光标仍只能在左右或垂直方向移动，则故障为相应的发光二极管或光敏管损坏。拧开鼠标的固定螺钉，打开外盖，在线检查光敏管两个极之间的电阻，如果电阻随光敏管上的光照的强弱发生变化，则光敏管是好的，损坏的是发光二极管。否则为光敏管损坏，更换损坏件，故障即可排除。
鼠标按键不起作用，一般为微动开关损坏。在鼠标故障中，微动开关的损坏率是比较高的，仅次于鼠标移动不灵活故障。特别是左按键下面的微动开关，由于使用频繁，很容易损坏。鼠标器每一个按键下均有一个微动开关，三键鼠标在实际应用中，中间那一个按键一般不使用，右边那个按键也用得比较少。因此，当左边按键下的微动开关损坏后，可将不用的中间那个微动开关或很少用的右边的微动开关拆下来，替换掉损坏的开关，故障即可排除。如果拆下来的是中间那个微动开关，对鼠标的使用基本上无影响。若所使用的应用软件只用到鼠标的一个键，在应急处理时，也可采用软件方法将右手鼠标改变为左手鼠标，即可以用右键代替原来的左键使用，从而避开损坏的那一个键。
计算机不认鼠标是指鼠标的所有操作均不起作用。这可能由多种原因引起，包括软件问题和硬件问题。软件原因包括计算机有病毒、没有正确安装鼠标驱动程序、应用软件与鼠标驱动程序发生冲突等。应先检查鼠标驱动程序是否已正确安装；计算机是否存在病毒；然后再检查应用软件是否不支持所使用的鼠标。在计算机不认鼠标硬件故障的原因中，常见的原因是断线。由于鼠标处于不断运动之中，如果信号线质量不好或拉扯用力过大，就易造成断线。多数情况下，断点处于鼠标这一端，因此出现断线后，只要将信号线鼠标这一端剪掉一小截，然后再重新将线焊好，一般就能排除故障。
