精益生产的运作体系可以分为五个层次，分别介绍如下：
1、目标层，其基本目标是组织整体优化和利润最大化，具体目标是成本最低化和销售收入最大化。精益生产管理思想的最终目标是企业利润最大化，只有通过实现组织的整体优化才能实现。传统的各个部门追求局部优化的做法，往往破坏组织的整体利益，反而使组织的整体效益下降。因此，组织整体优化已成为现代企业追求的基本目标。为了实现整体优化和增加利润，企业必须做到两点：彻底消除浪费和降低成本，以及实现足够的企业柔性。
2、准则层，为了实现这些目标，必须遵循四个准则：物流浪费最少化、资源消耗最少化、保证产品和服务的质量和实现柔性生产保证交货期。管理中的具体目标之一成本最低化，通过消灭生产中的一切浪费来实现，包括物流中的浪费和各种资源消耗的浪费。而管理中的第二个目标——销售收入最大化，则是通过保证产品质量和交货期来实现，以赢得顾客，占领市场，取得竞争优势。
3、方案层，为实施准则，必须有合理的实施方案。方案分为基本方案和具体实施方案。基本方案包括JIT拉动生产、均衡生产、全面质量管理和并行工程。具体实施方案有小批量生产、生产同步化、成组技术、人员参与和自动化、信息集成与反馈、团队工作等。并行工程与全面质量管理的目标更偏重于对销售的促进，同时，全面质量管理也是为了消灭生产中的浪费。
4、运作基础层，为保证方案的实施，需要有如下的运作基础：物料准时供应、先进的生产技术、良好的人际协作关系、和先进的计算机和信息技术。
5、环境基础层，运作基础不是天生就有的，要通过企业的努力，培育、建立或利用环境因素，形成必要的环境基础来支撑上述的各种运作。环境基础包括社会经济环境基础、社会文化环境基础和技术环境基础。
