封神榜的故事发生在商朝末年到西周初年的时期。女娲娘娘在万年纪念日时补天，王母娘娘在蟠桃园为其庆祝。商纣王率群臣向女娲圣像进香，因淫心起题诗亵渎，引起地动山摇。为使人间重归和谐美好，女娲决定派其门生姜子牙下界辅佐有道人君，各路人妖神悉皆配合，有功者将入榜封神。宅心仁厚的姜子牙理所当然受此重任，师弟申公豹欲夺其功，百般阻挠。
纣王朝思慕女娲美色，无心朝政。奸臣费仲投其所好荐亲外甥女苏妲己进宫邀宠。妲己早与西伯侯之子伯邑考定有婚约，两人深情相爱。苏护抗旨，妲己为保全全城军民性命，割情舍爱，甘愿入宫。申公豹假借女娲旨意，令狐狸精、雉鸡精、琵琶精潜入皇宫，左右纣王。狐狸精在苏护护女进宫途中附身与妲己并带着奶娘小女玉容随入宫。
妲己入宫后受命于申公豹，开始昼夜附妲己体，助纣为虐。首相商容苦劝纣王不成，辞官回乡。姜子牙下山隐于市集，考察殷商情况，随后被纣王任为下大夫，与比干、黄飞虎成为莫逆之交。姜子牙整治宫中妖气，被狐妲己陷害，纣王下令诛杀，子牙逃离朝歌，从师命去西周隐居。
李靖之妻黄飞云怀孕千日产一大肉球，李靖剑劈，跳出一男童，黄飞虎为其取名哪吒，太乙真人收其为徒。哪吒聪明顽皮却屡闯大祸，为不连累其父，哪咤剔骨还父。太乙真人用荷叶莲花重塑哪吒，并赐风火轮、火尖枪，在山习武化解了哪吒和其父的恩怨。
西伯侯姬昌被囚禁朝歌，长子伯邑考入朝搭救，狐妲己对其勾引调戏。伯邑考坐怀不乱，狐妲己假借纣王之手将其残忍杀害。姬昌的二子姬发在智多星散宜生协助下，装疯卖傻，两去朝歌。纣王认为姬昌对其今后构不成威胁，便将其父子放回西岐。姜子牙在蟠溪隐遁钓鱼，散宜生感激姜子牙救命之恩，拜其为丞相，子牙助文王，西周日渐富强。
黄飞虎派人烧了狐狸精的老巢，比干用狐皮制成龙袍献给纣王，狐妲己恼怒，设计陷害比干，为子孙报仇。纣王听信谗言，愚忠比干一面斥责纣王误国殃民，一面挖腹献心而死。闻太师归朝正遇比干出殡，召集黄飞虎等忠臣，拟出十谏面君，纣王惧太师，只得应付。西周势力日渐强大，子牙联合崇黑虎里应外合，诛了奸侯崇侯虎父子，把北伯侯王位交还崇黑虎。
此后文王病重，托孤姜子牙，姜子牙立姬发为武王，扶植武王抗击殷商多次武装入侵。申公豹调用雉鸡精变成美少女王凤来，同为父报仇的比干之女子娴到西歧女扮男装从军，以接近和左右武王。闻太师奉纣王令派晁雷、晁田兄弟探西被俘，黄飞虎劝降，子牙设计让晁雷骗过闻仲、接来家小，骗来了粮草，并解脱了后顾之忧。
张桂芳统兵征西失利，闻仲请来九龙岛四圣助战，仍未成功。闻仲请来众仙，布下了十绝阵。西周危机，凤来勾引武王失败，转向三殿下胡安，策动皇室内乱。姜子牙十三位师兄聚集西歧，助子牙破阵。阐教和截教仙家斗法，连破六绝阵，诛了赵公明和六位天君，武王与未婚妻子娴、哪吒、雷震子也被陷入了红砂阵中。
申公豹请来三仙姑，将十二位上仙困于所摆阵中，原始天尊亲临破阵，救走十二上仙。南极仙翁最后破了红砂阵，救活陷阵门人，武王却被申公豹劫走。闻仲中了姜子牙的连环计，走投无路战死于绝龙岭。雉鸡精凤来策划胡安政变未遂，胡安自杀。凤来逃回朝廷与纣王同居。申公豹在三妖帮助下秘囚武王，姜子牙率领杨戬、子娴与申公豹斗智，救回武王。
纣王御驾征西，令狐妲己回冀州说服苏护出任御前征西大元帅。狐妲己露出了马脚，最后不得不投毒，玉容身亡，苏夫人变成植物人。狐妲己恰好将此事嫁祸于西歧，苏护因此出征。纣王次子殷洪下山途中被申公豹策反，荐到苏护门下。姜子牙救转了苏夫人，苏夫人戳穿了狐妲己的真面目，苏护觉醒，与殷洪达成共识，反戈一击，杀了余庆等将。狐妲己被殷洪“阴阳镜”擒拿。申公豹逃跑。狐狸精再次脱离苏妲己躯体，逃到纣王身边，仍旧以妲己的形象生存作祟。
真妲己自知自己罪孽深重，无颜面世，在苏营中自缢身亡。留下了十六字真言：“信言不美，美言不信。善者不辩，辩者不善。智者不博，博者不智。”纣王御驾亲征以失败告终。
