农民专业合作社同样可以申报农业龙头企业。江西省农业产业化龙头企业申报条件明确指出，申报条件适用于依法设立的具有独立法人资格的农产品生产、加工、流通企业，包括国有、集体、私营、股份制企业、中外合资、中外合作、外商独资企业等。申报企业需满足多个条件，包括企业规模、企业信用、企业资产负债率、企业带动农户能力、企业生产基地、企业产品竞争力等方面。具体评分办法以百分制计分，综合得分80分以上的，方可列入省级龙头企业候选对象。
在企业规模方面，农产品生产型、加工、流通型、市场带动型龙头企业分别根据注册资本（金）、资产总值、固定资产、年销售收入等指标进行考核。加工、流通型龙头企业年销售收入需达到5000万元，注册资本（金）需400万元以上，资产总值需4000万元以上，其中固定资产在2000万元以上。农产品市场带动型龙头企业年交易额需达到5亿元，注册资本（金）需1000万元以上，资产总值需1亿元以上，其中固定资产总值在5000万元以上。
在企业信用方面，企业应守法经营，照章纳税，应有良好的金融机构信用等级。企业需提供相关部门证明，依法纳税的计4分，欠税的计0分；企业不欠职工工资、不欠社会保险的计3分，若有一项不达标的扣3分；企业银行信用等级达到A级以上（含A级）的计3分，达不到的不得评为省级龙头企业。
在企业带动农户能力方面，企业需通过与农民专业合作经济组织、专业大户、农村经纪人、农户或村集体经济组织签订经济合同，或以委托生产、订单农业、入股分红和利润返还等形式，明确企业与农户各自的权利、义务和违约责任，建立可靠、稳定的利益联结机制带动农户增收。企业需提供与农民专业合作经济组织、专业大户、农村经纪人、农户或村集体经济组织签订经济合同、契约或“订单农业”方式的证明材料。
在企业生产基地方面，企业需提供与其生产规模相当的生产基地情况资料，包括基地规模、提供原料数量、带动农户情况和利益联结方式等，资料与证明文件应相吻合。基地规模、提供原料数量、带动农户情况和利益联结方式等缺一项扣2分。
在企业产品竞争力方面，企业需提供包括加工原料和加工产品在内的农产品质量安全检测设施和人员，企业的主营产品应符合国家产业政策、环保政策和质量管理标准体系，产品质量或科技含量、新产品开发能力应在同行业中居领先水平。企业需提供包括中国驰名商标、省著名商标、中国名牌产品、省名牌产品、企业质量管理体系认证、环保达标评定证明、职业安全与卫生管理体系认证等证明材料。
在企业应提供的材料方面，包括填写《江西省农业产业化省级龙头企业申报表》或《江西省农业产业化省级龙头企业监测表》，工商营业执照复印件，有资质会计师事务所出具的上年度资产负债表与损益表，金融部门出具的有效期内的信用记录证明和信用等级证明，生产基地的产权证书或企业与有关单位签订的土地、生产设施使用合同、协议等复印件，与农民专业合作经济组织、专业大户、农村经纪人、农户或村集体经济组织签订农产品购销、订单农业、入股分红、利润返还等形式带动农户的合同、协议和占所带动农户10%的农户名册（姓名、住址、联系电话）或相关证明材料，所在地税务部门出具的企业分税种年度纳税情况证明，劳动和社会保障部门出具的企业支付职工工资、职工社会养老保险等情况证明，以及产品质量、环保、科技成果、商标、专利等方面的证明材料。
