检察院让签认罪认罚后不起诉是合法的。
根据法律规定，检察院对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。
构成刑事犯罪的，要依据触犯的罪名，根据犯罪的事实、犯罪的性质、情节和对于社会的危害程度等因素，依据刑法规定的标准进行处罚。
检察院认罪和法院认罪区别
在以后的量刑上有区别。在检察院签认罪书从一定程度上证明嫌疑犯的犯罪行为已经确定，如果签了认罪书是认罪态度良好的表现，当移交人民法院审判时可以依据情况量刑。因此，如果没有充分的无罪证明一般建议在检察院认罪。认罪悔罪的，可以从轻处罚。
依据我国相关法律规定，犯罪嫌疑人向人民检察院认罪认罚的，如果犯罪事实已经查清，证据确实、充分，要追究刑事责任的，会提起公诉。
法律依据《中华人民共和国刑事诉讼法》
第一百七十六条人民检察院认为犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，应当作出起诉决定，按照审判管辖的规定，向人民法院提起公诉，并将案卷材料、证据移送人民法院。
犯罪嫌疑人认罪认罚的，人民检察院应当就主刑、附加刑、是否适用缓刑等提出量刑建议，并随案移送认罪认罚具结书等材料。
第一百七十七条 犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十六条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。
对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。
人民检察院决定不起诉的案件，应当同时对侦查中查封、扣押、冻结的财物解除查封、扣押、冻结。对被不起诉人需要给予行政处罚、处分或者需要没收其违法所得的，人民检察院应当提出检察意见，移送有关主管机关处理。有关主管机关应当将处理结果及时通知人民检察院。
