病假工资后是扣社保的。
按照我国规定在医疗器内，用人单位应该按时给员工正常的缴纳社保。一般来说对于最低工资是不包括延长了工作时间的报酬的，会以货币的形式进行支付的保险福利。
最低工资不包括延长工作时间的工资报酬，以货币形式支付的国家法律、法规、规章规定的社会保险福利。但在医疗期内，单位应当给员工正常缴纳社保。
职工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期间内由企业按有关规定支付其病假工资或疾病救济费，病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。
请长病假的职工在医疗期满后，能从事原工作的，可以继续履行劳动合同;医疗期满后仍不能从事原工作也不能从事由单位另行安排的工作的，由劳动鉴定委员会参照工伤与职业病致残程度鉴定标准进行劳动能力鉴定。被鉴定为一至四级的，应当退出劳动岗位，解除劳动关系，办理因病或非因工负伤退休退职手续，享受相应的退休退职待遇;被鉴定为五至十级的，用人单位可以解除劳动合同，并按规定支付经济补偿金和医疗补助费。
劳动者患病或者非因工负伤，经劳动鉴定委员会确认不能从事原工作、也不能从事用人单位另行安排的工作而解除劳动合同的，用人单位应按其在本单位的工作年限，每满一年发给相当于一个月工资的经济补偿金，同时还应发给不低于六个月工资的医疗补助费。患重病和绝症的还应增加医疗补助费，患重病的增加部分不低于医疗补助费的百分之五十，患绝症的增加部分不低于医疗补助费的百分之百。
法律依据：
《企业职工患病或非因工负伤医疗期的规定》 第三条
企业职工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，国家规定门诊病假最多开几天根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期。
