支付宝交农村合作医疗不同地区支付宝交农村合作医疗保险费的方法不同，具体操作步骤如下：
1、打开支付宝手机客户端。
2、点击“首页”中的“更多”。
3、在更多应用界面点击“城市服务”。
4、进入后，点击“社保”。
5、点击“城乡居保缴费”。
6、输入个人证件号码的姓名等相关信息，点击“查询”。
7、进入后，输入缴费金额和选择缴费年限，点击“缴费”，即可完成缴费。
需要注意的是，若用户的社保界面没有城乡居民保险缴费，说明其所在城市不支持支付宝缴费，用户可以前往所属地区的社保中心缴纳。
农村合作医疗作用有以下内容：农村合作医疗可以减轻患者经济负担，让参合人员享受大病保险跨省就医补偿政策。农村合作医疗参合人员可以享受基本医保补偿费用、大病保险补偿费用和总补偿费用。当参合人员患有大病时，国家根据病种给予报销。农村合作医疗采用按病种付费、按人头付费、按床日付费等复合型支付方式，为参合人员提供医疗保障。
法律依据《中华人民共和国社会保险法》
第二条
国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度，保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。第四条
中华人民共和国境内的用人单位和个人依法缴纳社会保险费，有权查询缴费记录、个人权益记录，要求社会保险经办机构提供社会保险咨询等相关服务。
个人依法享受社会保险待遇，有权监督本单位为其缴费情况。
