新生儿可以交农村合作医疗。只要新生儿是在出生3个月以内申报登记新型农村合作医并缴费的，其在申报前发生的医疗费用，市社保中心都视同其已经参保并给予医疗报销政策享受的待遇。
只要新生儿是在出生3个月以内申报登记新型农村合作医并缴费的，其在申报前发生的医疗费用，市社保中心都视同其已经参保并给予医疗报销政策享受的待遇。
宝宝出生后的3个月之内申报登记新型农村合作医并缴费，宝宝之前发生的医疗费用就可以报销。对于出生后超过3个月以上才参保缴费的，仍按自缴费次月起享受医疗保险待遇的规定执行。
新生儿农村合作医疗的办理流程：首先，为新生儿办理入户手续。只有在新生儿取得本市户籍以后，才有资格参加婴儿医疗保险。其次，到当地的医保服务点为新生儿办理参保手续，同时缴纳相应的费用。在办理参保手续时，家长应向工作人员提供户口本、出生证等资料的原件和复印件。然后，领取门诊医疗的就医凭证。这个凭证包括《社会保障卡》和《就医记录册》。最后，领取住院医疗的就医凭证。这个凭证是指《少儿住院基金医疗证》。
法律依据《中华人民共和国社会保险法》
第二十五条 国家建立和完善城镇居民基本医疗保险制度。
城镇居民基本医疗保险实行个人缴费和政府补贴相结合。
享受最低生活保障的人、丧失劳动能力的残疾人、低收入家庭六十周岁以上的老年人和未成年人等所需个人缴费部分，由政府给予补贴。
第二十九条 参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。
社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。
