云南农村合作医疗网上缴费方法如下：
1、进到全国社保中心快速查询，选择官网进入并下载手机软件，也可以登录所属地区人力资源社会保障局官方网站，随后在官网首页扫码下载“云南人社厅手机APP”；
2、安装下载到手机后，点一下“城镇居民医保缴费”选择项，随后点一下“继续”；
3、登录个人账户，准确的输入身份证号，并选择交费年度；
4、确定交费信息准确无误后，点一下确定交费，最终选择付款需缴花费就可以。
合作医疗，即新型农村合作医疗保险。在网上主要可以通过以下几种方式缴纳：
1.支付宝缴费：支付宝首页点击市民中心，选择社保页面缴费。输入身份证号姓名，选择城乡居民医疗保险进行查询，选择城乡居民基本医疗保险费，点击缴费完成付款。
2.微信缴费：微信缴纳合作医疗的方式有两种，一种是查询当地的社保部门是否开通了新农合缴纳的公众号，然后搜索当地的公众号按照流程进行缴纳即可；第二种是在微信中查询城市服务，找到城乡居民医疗保险，按照提示进行缴纳即可。
3.官网缴费：登录当地所处城市的社会保险网上申报服务平台，进入网上自助缴费界面，输入姓名、身份证号码，阅读接受打钩，完成短信验证后会显示参保人相关信息，确认无误后就可以点击支付。
4.银行APP缴费：目前农业银行、工商银行、中国银行、农商银行等提供手机银行社保费缴费业务。所在地税务局签约以上银行的缴费人可以从中选择，具体缴费步骤根据各银行界面提示进行操作。
5.公众号缴费：步骤：首先查询自己地方市是否推出新农合微信缴费，推出的话可以关注所在地推出的农合公众号，然后进入公众号，输入个人信息注册。注册成功之后，在聊天页面的下方点击找到新农合缴费，点击缴纳既可完成新农合缴费。对于一直没有缴纳农村合作医疗，如果想缴纳农村合作医疗的话，各个地方的规定都不一样。但对于一般的农村来说，是不用补交以前的新农合费用，如果愿意交纳新农合现在提供身份证号，开通新农合医疗社保卡账户可以缴纳新农合。
法律依据《中华人民共和国社会保险法(2018修正)》第二十三条职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。
