超市烟草证注销三年后，才可以重新申请烟草许可证。公民、法人或者其他组织从事烟草专卖品的生产、批发、零售、进出口等业务的，应当依法向烟草专卖行政主管部门申请领取烟草专卖许可证。法人所属的不具备法人资格的单位单独领取烟草专卖生产企业许可证或者烟草专卖批发企业许可证的，其所属法人单位应当向相关的烟草专卖行政主管部门提出申请，并提交有关申请材料。
怎样办烟草许可证：
1、首先营业执照要尽快办理好。去你烟店所在县、区烟草专卖局申请办理，有一个合理布局问题（各地不同可当地烟草局问这也是难点所在），其它好办。正常办证费用。
2、申请范围：新经营烟草制品零售业务的企业或个人或许可证有效期限届满需要延续的企业或个人。
3、办理机关：申请新办烟草专卖零售许可证的企业或个人应向其经营场所所在地的烟草专卖局提出申请。
取得烟草专卖零售许可证，应当具备下列条件：
①有与经营烟草制品零售业务相适应的资金；
②有固定的经营场所；
③符合烟草制品零售点合理布局的要求；
④国务院烟草专卖行政主管部门（国家烟草专卖局）规定的其他条件。
提交材料：《烟草专卖零售许可证申请（换证）审批表》；工商营业执照副本复印件；法定代表人（负责人）或经营者身份证复印件；许可证正副本（新开业的不用提交）。
法律依据《烟草专卖许可证管理办法》第二十五条有下列情形之一的，不予发放烟草专卖零售许可证：
（一）经营场所基于安全因素不适宜经营卷烟的；
（二）中、小学校周围；
（三）取消从事烟草专卖业务资格不满三年的；
（四）因申请人隐瞒有关情况或者提供虚假材料，烟草专卖局作出不予受理或者不予发证决定后，申请人一年内再次提出申请的。
