自然灾害损失不需要进项税额转出。
非正常损失的购进货物及相关应税劳务的进项税额不得从销项税额中抵扣。非正常损失，是指因管理不善造成被盗、丢失、霉烂变质的损失。这其中不包括自然灾害损失，因此自然灾害损失不需要进项税额转出。非正常损失的购进货物，以及相关的加工修理修配劳务和交通运输服务的进项税额不得从销项税额中抵扣。非正常损失，是指因管理不善造成货物被盗、丢失、霉烂变质，以及因违反法律法规造成货物或者不动产被依法没收、销毁、拆除的情形。因此，自然灾害造成的损失，属于因不可抗力因素造成的货物毁损，不属于因管理不善等原因造成的，故其进项税额可以抵扣，无需做进项转出处理。
自然灾害造成的损失，进项税额可以抵扣的。根据规定，非正常损失的购进货物及相关的应税劳务不得从销项税额中抵扣。非正常损失，指因管理不善造成被盗、丢失、霉烂变质的损失，企业购进的原材料为税法规定的购进货物，其发生的自然灾害损失不属于税法规定的非正常损失范围，属于正常损失，取得的进项税额可以抵扣。
法律依据：
《中华人民共和国增值税暂行条例》第十条
下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：
（一）用于非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物或者应税劳务；
（二）非正常损失的购进货物及相关的应税劳务；
（三）非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物或者应税劳务；
（四）国务院财政、税务主管部门规定的纳税人自用消费品；
（五）本条第（一）项至第（四）项规定的货物的运输费用和销售免税货物的运输费用。第九条 纳税人购进货物或者应税劳务，取得的增值税扣税凭证不符合法律、行政法规或者国务院税务主管部门有关规定的，其进项税额不得从销项税额中抵扣。第十一条 小规模纳税人销售货物或者应税劳务，实行按照销售额和征收率计算应纳税额的简易办法，并不得抵扣进项税额。应纳税额计算公式应纳税额=销售额*征收率小规模纳税人的标准由国务院财政、税务主管部门规定。
