《诛仙》讲述了主角张小凡从一个平凡少年成长为一名非凡侠士的故事。故事开始于草庙村，张小凡目睹了草庙村的悲剧，普智和尚在战斗中耗尽心法大焚般若，最终张小凡误以为青云门是罪魁祸首。
进入青云门后，张小凡在大竹峰修炼，逐渐对师姐产生了感情，但师姐却爱上了他人，这让他陷入了深深的孤独。在七脉会武中，他侥幸进入前四，与陆雪琪等人共同经历了万蝠古窟的历练。
在万蝠古窟，张小凡结识了魔教妖女碧瑶，并与她一起度过了生死难关。之后，他们一起前往东海流波山，对抗夔牛时，张小凡施展了普智传授的大焚般若，得知草庙村之祸实为普智所为，碧瑶则为他挡下诛仙剑而牺牲。
张小凡在魔教中得到了鬼王的器重和真传，但在一次浩劫中，青云门遭受重创，张决定毁去仙剑为碧瑶报仇，但最终失败。张小凡始终活在碧瑶的阴影下，为了替她报仇而不断努力。
在魔教中，张小凡与鬼王之间有着特殊的关系。后来，张小凡发现自己真正爱的是陆雪琪，但为了报恩，他一直守护着碧瑶。最终，张小凡回归正道，却发现恩师田不易被陆雪琪杀害，两人之间产生了隔阂。
在最后的正邪之战中，张小凡为了天下苍生挺身而出，成为了第三个祭起神剑诛仙的人，打败了出卖灵魂的鬼王，但自己也身受重伤下落不明。
陆雪琪后来偶然回到荒废的草庙村，见到了张小凡，两人最终携手度过余生。
《诛仙》还涉及到天书的重要性，张小凡被天书选定为主人，因此经历了诸多灾难，最终成为最有资格拥有天书的人。
