如果您发现一家财务咨询公司拥有营业执照，但在全国代理记账管理网站上查询不到其代理记账资格许可证，您可以通过以下途径投诉：
1. 向该公司所在地的县级以上地方人民政府财政部门进行反映。
2. 财政部门会对代理记账机构的资格进行审查，符合以下条件的企业才能获得代理记账资格：
- 必须是依法设立的企业。
- 拥有不少于3名的专职从业人员。
- 负责人应具有会计师以上专业技术职务资格或从事会计工作三年以上，且为专职从业人员。
- 拥有健全的代理记账业务内部规范。
3. 代理记账机构的从业人员应具备会计类专业知识和业务技能，能够独立处理基本会计业务，并由机构自主评价认定。
4. 相关事项的申报途径和服务途径包括：
- 资格申请、年度备案、信息变更登记、证书补换发等。
- 办理方式是通过“全国代理记账机构管理系统”向主管财政局申报。
- 申报材料的模板可以在该系统下载。
