为了核算和监督基本建设预算拨款的拨入、使用、上交和结余等情况，建设单位通常需要设置一系列会计科目。这些科目主要用于记录和追踪各项资金的流动情况，确保财务的透明和准确。
“基建拨款——本年预算拨款”科目属于资金来源类科目，主要用于记录本年内由地方预算拨入的基本建设拨款。贷方登记收到上级拨入的拨款限额，退回和年终注销的拨款限额（用红字登记），以及年初建立新账时的结转上年度“预收下年度预算拨款”。借方平时一般不登记；期末贷方余额反映本年预算拨款限额的实际拨入数。
“基建拨款——预收下年度预算拨款”科目主要用于记录建设单位本年内收到预算拨入的下年度基本建设拨款。贷方登记收到财政部门预拨的下年度基本建设预算拨款限额，借方平时不登记；期末贷方余额反映下年度预算拨款限额的实际数额。
“基建拨款——本年交回结余资金”科目主要用于核算本年内按投资隶属关系上交财政或主管部门的基本建设结余资金。借方登记按投资隶属关系实际上交的基本建设结余资金；贷方平时不登记；期末借方余额反映实际上交结余资金的累计数。
“基建拨款——以前年度拨款”科目主要用于核算以前年度拨入而尚未冲转的各项基本建设拨款。贷方登记年初建立新账时结转“基建拨款”科目所属其他明细科目的上年末贷方余额；借方登记年初建立新账时结转“基建拨款”科目所属有关明细科目的上年末借方余额，“交付使用资产”科目的上年末借方余额（用基建拨款完成的部分），以及年终决算经财政部门审核批准后，调整批准数大于已冲销数的差额。
“限额存款”科目属于资金占用类科目，主要用于核算建设单位收到上级拨入存在建设银行拨款账户内的基本建设投资拨款限额。包括基本建设预算拨款限额和基本建设基金拨款限额。借方登记收到上级拨入的拨款限额，退回和年终注销的拨款限额（用红字登记）；贷方登记支用的拨款限额；期末借方余额反映尚未支用的拨款限额。
建设单位应设置“限额存款日记账”，根据拨款限额通知，以及收款凭证和付款凭证，按照经济业务发生的先后顺序，逐笔登记。在建设银行同时开设几个拨款户的建设单位，应按各拨款户分别设置“限额存款日记账”，进行序时核算。
