营改增后，建筑企业面临进项抵扣不足的问题。对于规模较小或具有其他特殊情况的建筑企业，可以自行选择简易办法纳税，适用3%的征收率。建筑企业应加强财务核算和经营管理，尽量与提供增值税专用发票的供货方合作，争取抵扣充分。建筑业适用11%税率，较营业税3%提高了8个百分点。但由于难以取得增值税专用发票，建筑业进项抵扣不足。人工费无法抵扣，建筑业是劳动密集型行业，人工费占总成本的20%左右。部分建筑材料供应商为小规模纳税人甚至无证经营户，难以取得增值税专用发票。商品混凝土可按简易办法纳税且适用3%的征收率，而建筑业销项适用11%的税率，进销税率相差达8个百分点。层层转包、工程项目垫资和中标下浮等问题也影响进项抵扣。
建筑业跨地区经营普遍，“营改增”后，建筑业纳税地点及税收归属是各方关注的焦点。现行营业税规定，纳税人提供建筑劳务，应当向劳务发生地税务机关纳税。以建筑劳务发生地为纳税地点，符合建筑作业流动性大、施工复杂的特点，也便于税收征管。如果选择在劳务发生地纳税，将对施工企业的财务核算能力提出很高要求；如果选择在机构所在地纳税，又会产生企业所在地税务机关因无法确切掌握异地工程的施工进度、财务状况等实际问题，难以监管到位。建议参考《邮政企业增值税征收管理暂行办法》、《铁路运输企业增值税征收管理暂行办法》等规定，跨地区经营劳务发生地就地预缴增值税，机构所在地统一结算补缴。
建筑业“营改增”后，纳税义务时间问题需关注。现行营业税规定，纳税义务发生时间为提供应税劳务、转让无形资产或者销售不动产并收讫营业收入款项或者取得索取营业收入款项凭据的当天。建筑业存在预付工程款、合同完成后一次性结算价款，以及大型项目按工程进度支付款项、竣工后清算等结算方式。建筑业“营改增”后，会出现工程施工与营业收入不匹配、税款征收入库波动大的现象。建议按照权责发生制原则，以工程进度百分比法确认当期工程收入，并据此计算和预征增值税，在工程竣工时统一结算。
