《拜月亭记》的故事背景设定在一个动荡不安的时代，主人公的遭遇异常凄凉，但他们高尚的情操和坚定的意志使作品充满了悲剧的氛围和喜剧的色彩，以抒情喜剧贯穿始终。《走雨错认》、《招商成亲》、《幽闺拜月》等折子戏，洋溢着幽默风趣的喜剧情调，至今仍为昆曲和高腔剧种频繁上演，深受欢迎。
在这个悲欢离合的故事中，爱情与伦理的主题紧密相连。王瑞兰与蒋世隆在战乱中结为夫妻，没有父母之命、媒妁之言，也不符合门当户对的标准，遭到王镇的反对。然而，作品肯定了这对青年男女的行为，指责王镇倚势仗权，拆散夫妻的行为是忘恩负义。通过人物之间的冲突，作品揭露了封建伦理道德的荒谬，赞扬了王瑞兰不忘旧情、忠于爱情的精神。
剧作还描绘了人们在危难中相互扶持的美好感情，如王夫人与蒋瑞莲、王瑞兰与蒋瑞莲之间的深情厚谊，以及蒋世隆与陀满兴福之间的友情，这些情节都令人动容。剧中的黄公夫妻形象诚实热心，也十分动人。金元以来，战乱频仍，人民饱受颠沛流离、妻离子散之苦，更加珍惜忠贞的爱情和纯正的友谊。
在形象塑造上，剧作家流露出古代人民朴素的愿望和要求。王瑞兰的艺术形象寄托了剧作家的理想，刻画得真实动人。她出身于尚书府第，战争突然将她从安逸的家庭中推出，慌乱中得到蒋世隆的帮助和保护，由感激而产生爱慕。但作为贵族小姐，她深受封建教养、礼法和荣誉观念的束缚，内心充满矛盾。她反抗王镇拆散婚姻的暴行，勇敢地与封建礼教决裂。作品后半部分着重刻画了王瑞兰对蒋世隆的执着思念，对父亲的不满，以及对命运相似的义妹瑞莲的深情怜惜，塑造了一个美好善良的女性形象。
