高倍镜的使用方法需谨慎，首先，要在低倍镜下找到观察目标，并调整到最清晰状态，随后转换到高倍镜观察。转换高倍镜时动作需缓慢，同时应从侧面观察，以防镜头碰触玻片。如遇镜头碰触玻片，说明低倍镜的焦距未调好，需重新操作。调节焦距时，用左眼在目镜上观察，发现物象不清晰时，逆时针移动细调节器的螺旋约0.5-1圈即可。若需调节亮度，可用集光器和光圈调节。更换玻片标本时，需先下降镜台，然后顺时针转动粗调节器，确保镜台下降。
调整物镜和目镜的距离可以改变像的大小。若要使像变大，需使物镜靠近物体，目镜远离物镜；反之亦然。使用显微镜时，必须右手握臂、左手托座，不可单手提取，以免损坏显微镜。显微镜应轻拿轻放，不可置于实验台边缘，以免碰撞落地。保持显微镜清洁，光学和照明部分只能用擦镜纸擦拭，切忌口吹手抹或用布擦。机械部分则可用布擦拭。水滴、酒精或其他药品切勿接触镜头或镜台，若不慎沾污，应立即擦净。放置玻片标本时，需对准通光孔中央，避免反放玻片，防止损坏玻片或碰坏物镜。
观察时，要养成两眼同时睁开的习惯，左眼观察视野，右眼用于绘图。使用完毕后，必须复原才能放回镜箱。步骤包括取下标本片，转动旋转器使镜头离开通光孔，下降镜台，平放反光镜，下降集光器（但不要接触反光镜），关闭光圈，推片器回位，盖上绸布和外罩，放回实验台柜内。最后填写使用登记表。反光镜通常应垂直放置，但有时需平放以避免碰坏光圈。
