社会医疗保险的报销流程通常是在出院后进行，这包括住院及特殊病种门诊治疗的结算。定点医疗机构会在每月的10日前提交上月出院患者的费用结算单和住院结算单，这些资料会被医疗保险经办机构审核，用作每月预拨及年终决算的依据。
对于急诊情况，患者可以在市内非定点医疗机构或异地医疗机构接受治疗，医疗费用先由个人或单位垫付。治疗结束后，凭急诊病历、检查、化验报告单、发票和医疗收费清单等资料，到医疗保险经办机构按相关规定办理报销手续。
异地安置人员的情况则有所不同。他们需要由所在单位指定1-2所居住地的定点医疗机构，并向医疗保险经办机构备案。之后，若在居住地定点医疗机构就诊，发生的医疗费用先由个人或单位垫付，治疗结束后，由单位持参保人员医疗证、病历、有效费用票据、复式处方、住院费用清单等资料，在规定时间内到社会医疗保险经办机构进行结算。
关于转诊转院，参保人员因定点医疗机构条件限制或因专科疾病需要转往其他医疗机构时，需填写转诊转院审批表，由经治医师提出转诊转院理由，科主任提出意见，医疗机构医保办审核，分管院长签字，并报市医保中心审批。转诊转院原则上先市内后市外、先省内后省外。市内转诊转院限定在定点医疗机构之间进行，市外转诊转院则须由本市三级以上定点医疗机构提出。参保人员在转诊转院后，医疗费用先由个人或单位垫付，医疗终结后，持转诊转院审批表、病历证书、处方及有效单据到医保经办机构报销属于统筹基金支付范围的住院费用。
