针对棉花黄萎病的防控，有多种有效的策略。首先，需要清除零星病区、控制轻病区、改造重病区。对于病株超过0.2%的棉田，可采取人工拔除病株，挖除病土，并选用16%氨水或氯化苦、福尔马林、90%～95%棉隆粉剂等进行土壤熏蒸或消毒。具体操作中，可以在6～7月发病高峰期，以病株为中心，每平方米内打深20厘米的孔25个，每孔中灌入氯化苦5毫升，共125毫升，随后边灌边覆土踏实、泼水，防止药液蒸发。接着，使用120倍液的粗二二乳剂或含氨16%以上的氨水1:9溶液5升进行铲除，可消灭病点中的枯黄萎病菌，一般每平方米病点灌药液45升。此外，90%～95%的棉隆每667平方米用有效成分3.6kg处理土壤，9～10月第二发病高峰期，均匀注入氯化苦原液90毫升，也能收到显著效果。
对于病株在0.2%～5%的轻病田，主要采取种植无病、抗病或耐病品种，结合无病土精加工棉种育苗移栽，以控制该病发生。同时，开沟排渍，降低地下水位，增施磷、钾肥，提高抗病、耐病能力，清除病残体。而对于病株在5%以上的重病田，主要依靠种植抗病、耐病品种及轮作等有效途径。近年来，使用12.5%治萎灵液剂200～250倍液，于发病初期、盛期各灌1次，每株灌对好的药液50～100毫升，防效可达80%～90%。
另外，棉种消毒处理也是关键措施之一。可取比重为1.8以上的浓硫酸放入砂锅等容器中加热到110～120℃，按1:10的比例慢慢倒入棉籽中，边倒边搅拌，直至棉籽上茸毛全部焦黑，再用清水充分洗净。然后，用80%的抗菌剂402，用量为种子重量的2.5～3倍，加热至55～60℃后浸泡棉籽30分钟，可有效杀灭棉种内外的枯萎病和黄萎病病菌。此外，也可使用50%多菌灵可湿性粉剂10克溶在25毫升的10%稀盐酸中，对水975毫升，再加0.39平平加（棉纺用渗透剂，也可用海欧牌洗涤剂替代）配成1000毫升药液，按每5公斤棉种用药液17.5～20公斤于室温下浸种24小时。还可以把多菌灵配成0.3%悬浮剂于室温下浸种14小时。
