无论是原设计建造屋顶花园，还是在已建房屋的可上人屋面顶上增建屋顶花园，在建造过程及日常使用中，都可能破坏屋顶的防水和排水系统，导致屋顶漏水。具体原因如下：
1. 原屋顶防水层存在缺陷
在结构层和防水层保持原有做法的情况下，通常仍需在预制空心板上铺设防水层。这不可避免地会导致在女儿墙和天沟沿口等薄弱环节出现渗漏。特别是刚性防水屋面，最常见的问题是防水层在施工完成后可能会因裂缝而导致漏水。裂缝产生的原因众多，包括气候变化和太阳照射引起的屋面热胀冷缩；屋面板受力后的翘曲变形；地基沉降或墙体承重后的坐浆收缩等原因引起的屋面变动；以及屋面板变形或材料干缩变形等。
2. 建造屋顶花园时破坏了原防水层
即使屋顶原本容易漏水，在建屋顶花园的过程中，进行多项园林工程施工更容易破坏屋顶防水层，从而导致漏水。即便不进行打洞穿孔或埋设固定铁件，如果不精心施工，同样会破坏屋顶防水和排水构造。例如，进行植物载植有时也会破坏防水层，如填土时使用的工具可能会损坏防水层。
3. 屋顶花园水源增多
屋顶花园中植物的浇灌用水、水池、喷泉等水体用水频繁，增加了屋顶产生漏水的水源。一般建筑物屋顶的排水系统并未考虑建造屋顶花园所需的种植模式及水体工程的排水问题。特别是浇灌水和水池污水中含有植物根叶和泥沙等杂质，会使排水口及管道堵塞，造成屋顶积水和漏水。
无论漏水原因如何，人们往往将责任归咎于屋顶花园，这对屋顶花园的推广产生了社会阻力。因此，规划、设计、施工及使用单位都应充分认识到这一点，并共同处理好屋顶花园的防水问题。
