1. 在90年代，美国联邦调查局（FBI）的特别探员福克斯·穆德（Fox Mulder）和 Dana Scully 共同调查了一系列神秘案件，这些案件被称为“X档案”。
2. 穆德由于妹妹萨曼莎小时候被外星人绑架，因此对搜寻外星生命充满了热情。然而，高层对有所忌讳，所以他们试图通过让 Scully 加入，用科学方法平衡穆德的调查，使其回归正轨。
3. 第二季开始时，X档案被迫关闭，穆德和 Scully 被分配到其他部门。尽管如此，穆德依然密切关注与X档案有关的案件，并时常寻求 Scully 的帮助。在这一季中，由于吉莲·安德森怀孕，剧情安排 Scully 被外星人绑架，暂时离队，而现实中，吉莲·安德森则去 hospital 生小孩。
4. 第三季继续上一季的故事，穆德被印第安人迹族的朋友 Albert Hosteen 救了一命。这一季涵盖了众多主题，包括湖中水怪、操控人意识的精神病患、唐人街的冲突，以及二战时日本的人体实验等。
5. 到第四季，X档案已经成为家喻户晓的科幻剧集。尽管有些人认为它的内容过于偏激，但它还是在金球奖和艾美奖上获得了认可。第四季在保持一贯风格的同时，也更多地展现了穆德和 Scully 的个人生活。
6. 第五季继续上一季的情节，穆德和 Scully 联合起来欺骗高层，以便获取他们需要的资料。
7. 第六季在电影之后继续播出，获得了不同的评价。这一季有很多喜剧元素，但也不要忘记它仍有重要的使命。在第六季的中间，有两集是对整个系列六年来的一个大解析。
8. 在第七季，穆德在远距离调查中遭遇意外，在精神病院醒来后获得了预见未来和读心术的能力。Scully 在非洲海岸发现了一些古老的物品，上面刻有人类基因图，以及关于第六次物种大灭绝的记载。
9. 第八季中，穆德失踪后，Scully 请求约翰·道格特探员（Agent John Doggett）帮助寻找穆德。FBI 最终决定让道格特正式接管X档案，而 Scully 在与穆德共事多年后，也坚信X档案中的超自然事件是真实的。
10. 第九季中，外星人和的阴谋逐渐浮出水面。在最终集《》中，穆德为了寻找而回归，但却因为和超级战士的斗争而被关进监狱，面临审判。然而，穆德否认了指控，因为简单的方法根本无法杀死超级战士。
11. “X档案”的幕后制作涉及许多花絮。X档案原本是指FBI中的一个部门，负责调查无法解释的超自然现象案件。穆德在牛津大学学习心理学后，被FBI雇佣，他的事业原本一帆风顺，但他却对超自然事件产生了浓厚的兴趣。在一次催眠治疗中，他回忆起妹妹萨曼莎被未知力量带走的经历，从而开始了对X档案中隐藏的全面调查。
