一、明朝保留南京六部的原因
明朝迁都北京后，南京仍保留了一套六部机构，以及都察院、通政司、翰林院、国子监等机构，但撤销了布政司、按察司、都指挥司。尽管自迁都之后，除了明宣宗朱瞻基曾在南京短期停留，其他皇帝未曾踏足南京，但南京六部的重要性并未因此减弱。南京作为陪都，其六部的存在对于维护明朝的统治具有重大意义。
二、南京六部的职责
南京六部在明朝体制中扮演着关键角色。南京作为南直隶地区的权力中心，涵盖今天的江苏、安徽两省和上海一市，是帝国的文化和经济中心。南京六部主要负责南直隶及邻近省份的税收、漕运和盐业管理，这些职责至关重要，尤其是南京户部的职责更是凸显了其权力之重。
三、南京六部的影响力
南京的兵部、吏部、刑部等同样拥有相当的权力，其职责范围北京六部无权干涉。南京设有49个卫所，直接归南京兵部尚书管辖；南京官员的京察考核由南京吏部负责；南京的刑名司法及监察则由南京刑部和都察院负责。尽管南京礼部的权力相对较小，但仍然负责礼仪祭祀事务，并为朝廷宰辅人才提供储备。
四、南京六部的作用
南京六部作为巩固陪都的系统，在关键时刻（如清兵入关时）能够发挥重要作用，直接接管半壁江山。平时，南京的最高行政机构并非六部，而是由王公大臣组成的守备会议，即守备厅会议，它才是南京的最高权力机构。
五、南京六部与北京六部的关系
尽管南京六部是陪都的六部，但实际上其行动受到北京六部的牵制。南京各部的权力受到北京相应部门的影响，导致一些南京官员感到不满。其中，南京都察院由于职责相对较小，影响力和工作内容都不如其他部门。
六、南京的地位
对于明朝而言，南京的地位并未因迁都北京而降低至无关紧要的地步。一旦南京发生灾祸或外来首领归顺，南京依然是首选。在明朝皇帝心中，北京不复安全时，南京是一个不错的避难所。然而，崇祯皇帝例外。
