总公司并购后，劳动合同可采取两种处理方式：
1.维持原有合同，直至有效期满再由新机构续签，若不续签，应向员工支付补偿金；
2.对原先合同进行修订，增加附注，阐明因公司合并，新机构将接手合同执行。
【法律依据】
《民法典》第六十七条，法人合并的，其权利和义务由合并后的法人享有和承担。
法人分立的，其权利和义务由分立后的法人享有连带债权，承担连带债务，但是债权人和债务人另有约定的除外。【
法律依据】
《民法典》第六十七条，法人合并的，其权利和义务由合并后的法人享有和承担。
法人分立的，其权利和义务由分立后的法人享有连带债权，承担连带债务，但是债权人和债务人另有约定的除外。
