细菌和真菌是微生物界的重要成员，尽管两者共享“菌”字，但它们在多个方面存在着显著差异。
首先，从生物类型来看，细菌属于原核生物，缺乏核膜包围的细胞核，而真菌则属于真核生物，具有完整的细胞核。细菌是单细胞生物，而真菌则可以是单细胞也可以是多细胞。
其次，细菌和真菌在细胞结构上也有显著区别。它们都拥有细胞壁、细胞膜和细胞质，但细胞壁的主要成分不同，细菌的细胞壁主要由肽聚糖构成，而真菌的细胞壁主要由几丁质构成。此外，真菌拥有多种细胞器，如内质网、高尔基体、线粒体、中心体等，而细菌的细胞器仅限于核糖体。
在细胞大小方面，细菌的原核细胞通常较小，直径一般为1μm至10μm，而真核细胞较大，直径一般为10μm至100μm。
增殖方式上，细菌通过二进行繁殖，这是一种原核生物特有的方式，而真菌则通过有丝，包括出芽生殖和孢子生殖等方式。
最后，从名称上看，细菌的名称往往包含描述其形态的字眼，如球菌、杆菌、弧菌等，而真菌的名称则不包含这类描述。
