在物权变动中，有一些情况不适用于善意取得，比如盗窃来的赃物。同样，拾得物、漂流物、失散的饲养动物，这些也都不适用善意取得。此外，埋藏物和隐藏物尽管看起来是无主物，但实际上它们是有主物，也不适用善意取得制度。值得注意的是，一些有产权登记对抗效力的动产，例如汽车，同样不属于善意取得的适用范围。
除了上述情况，还有一些特定物也不适用善意取得制度。与不动产分离之前的不动产出产物，比如采伐的木材，不适用善意取得。另外，非以无记名有价证券表示的债权，比如通过口头协议形成的债权债务关系，也不适用于善意取得。此外，法律禁止流通的物品，例如麻醉品，也不适用善意取得。还有，如果财产依法被查封，比如法院查封的财产，也不属于善意取得的范围。
遗失物和盗赃物原则上不适用善意取得制度，但有一个例外：如果第三人从出卖同类物品的公共市场购得，即使该物品是赃物，善意第三人也有可能取得物权。这是因为公共市场的交易相对公开透明，交易双方通常都较为谨慎，因此在这种情况下，善意取得制度仍然可以适用。
综上所述，虽然大多数情况下善意取得制度适用于物权变动，但在上述特定情形下，善意取得制度无法对抗物权的原始权利人，或者在某些情况下无法完全适用。
